名簿


  出口 聡一郎(デグチ ソウイチロウ)

   京都大学大学院エネルギー科学研究科エネルギー応用科学専攻
    資源エネルギーシステム学研究室 博士課程三年



▽研究テーマ

[専門分野]

生体分子シミュレーション(MD/MC)計算、深層生成学習、第一原理計算(DFT)

[研究テーマ]

深層生成ニューラルネットワークによる巨視的蛋白質構造の敵対的多様性学習

▽研究論文

[卒業論文]

デンドライト電極によるパルス電界殺菌

[修士論文]

ナノポーラス金属表面とfibronectinの相互作用に関するDFT,MDシミュレーション

[投稿論文]

[1] S. Deguchi, A. Kato, P. Wu, M. Hakamada, M. Mabuchi, “Heterogeneous role of integrins in fibroblast response to small cyclic mechanical stimulus generated by a nanoporous gold actuator”, Acta Biomaterialia 121 (2021) 418
[2] S. Deguchi, R. Yokoyama, T. Maki, K. Tomita, R. Osugi, M Masataka, M.Mabuchi, “A new mechanism for reduced cell adhesion: Adsorption dynamics of collagen on a nanoporous gold surface” , Materials Science and Engineering: C 119 (2021) 111461.
[3] S. Deguchi, M. Hakamada, J. Shingu, S. Sakakibara, H. Sugiyama, M. Mabuchi, “Inactivation of HeLa cells on nanoporous gold”, Materialia 7 (2019) 100370.
[4] S. Deguchi, M. Hakamada, M. Mabuchi, “Adsorption of RGD tripeptide on Au (111) surface”, Materials Transactions. 60 (2019) 1711-1715.
[5] S. Deguchi, M. Hakamada, M. Mabuchi, “Sterilization by a Pulsed Electric Field with Dendritic Gold Electrodes”, Materials Transactions, 59 (2018), 1210-1213.
[6] K. Naito, S. Deguchi, M. Hakamada M. Mabuchi, ”Dissimilar joining of alumina to aluminum at room temperature without applying a loading by two-step deposition”, Materials Letters, 286, (2021), 129245.
[7] H. Sugiyama, R. Osugi, S. Deguchi, R.Yokoyama, M. Hakamada, M. Mabuchi, “Detachment of human mesenchymal stem cells from a gold substrate using electric current”, Materialia 13 (2020) 100866.
[8] M. Hakamada, S. Sakakibara, N. Miyazawa, S. Deguchi, M. Mabuchi, ”Antibacterial activity of ultrathin platinum islands on flat gold”, Scientific Reports, 10, (2020), 9594.

▽学会発表(*発表者)

[1] 出口聡一郎*、林優歩、袴田昌高、馬渕守、「ナノポーラス金の細胞シグナル伝達経路に及ぼす影響に関するシミュレーション」、日本金属学会 2018 年秋期(第 163 回)講演大会、東北大学、2018/09/19、口頭発表(一般).
[2] 出口聡一郎*、袴田昌高、馬渕守、「デンドライト電極によるパルス電界殺菌」、日本金属学会 2018 年秋期(第 163 回)講演大会、東北大学、2018/09/19、ポスター発表.
[3] 出口聡一郎*、林優歩、袴田昌高、馬渕守、「ナノポーラス金表面効果によるインテグリンの構造変化の動的解析」、 材料 WEEK 材料シンポジウム「若手学生研究発表会」、京都テルサ、2018/10/17、口頭&ポスター発表.
[4] 出口聡一郎*、林優歩、袴田昌高、馬渕守、「細胞と金表面の相互作用のシミュレーション」、日本金属学会 2019 年春期(第 164 回)講演大会、東京電機大学、2019/03/20、ポスター発表.
[5] 出口聡一郎*、林優歩、横山遼、袴田昌高、馬渕守、「インテグリン outside-in シグナルに及ぼすナノポーラス金の影響に関するシミュレーション」、日本金属学会 2019 年秋期(第 165 回)講演大会、岡山大学津島キャンパス、2019/09/11〜13、口頭発表.
[6] 横山遼、出口聡一郎*、袴田昌高、馬渕守、「ナノポーラス金とコラーゲンの相互作用:第一原理計算&分子動力学シミュレーション」、日本金属学会 2019 年秋期(第 165 回)講演大会、岡山大学津島キャンパス、2019/09/11〜13、口頭発表.
[7] 出口聡一郎*、林優歩、横山遼、袴田昌高、馬渕守、「ナノポーラス金の及ぼすインテグリン outside-inシグナル伝達への影響のシミュレーション解析」、日本バイオマテリアル学会関西ブロック第 14 回若手研究発表会プログラム、国立循環器病研究センター、2019/03/20、ポスター発表.
[8] 出口聡一郎*、林優歩、袴田昌高、馬渕守、「ナノポーラス金表面のインテグリン活性化に及ぼす影響の動的解析」、第 41 回日本バイオマテリアル学会大会、つくば国際会議場、2019/11/24〜26、ポスター発表.
[9] 出口聡一郎*、林優歩、袴田昌高、馬渕守、「インテグリンとナノポーラス金基板の相互作用の動的解析」、第 42 回日本分子生物学会年会、マリンメッセ福岡、2019/12/3〜6、ポスター発表.
[10] 出口聡一郎*、横山遼、袴田昌高、馬渕守、「ナノポーラス金上のコラーゲンの吸着ダイナミクス」、日本金属学会 2020 年春期(第 166 回)講演大会、東京工業大学、2020/3/17〜19、口頭発表.
[11] 出口聡一郎*、袴田昌高、馬渕守、「非平衡分子動力学によるインテグリンの“膝”の機能解明」、日本金属学会 2020 年春期(第 166 回)講演大会、東京工業大学、2020/3/17〜19、口頭発表.
[12] 出口聡一郎*、袴田昌高、馬渕守、「インテグリン全長構造の仮想引張シミュレーション:Genu ドメインにおける細胞メカノセンシング機構の解明」、日本金属学会 2020 年秋期(第 167 回)講演大会、オンライン開催、2020/09/15〜18、口頭発表.
[13] 出口聡一郎*、袴田昌高、馬渕守、「Sampling of integrin structures using invertible deep generative neural network (可逆な深層生成ニューラルネットワークを用いたインテグリンの構造サンプリング)」、第 43 回日本分子生物学会年会、オンライン開催、2020/12/2〜4、ポスター発表.

▽所属学会等

日本分子生物学会
日本金属学会
日本バイオマテリアル学会